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(1)多肽中如果含有高比例的疏水性很強的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，多肽很難溶解于水性溶液中或根本不可能溶解。這些氨基酸無論是純化或合成，都有可能有問題。

(2)一般情況下疏水性氨基酸的比例<50%，不能連續(xù)5個連續(xù)aa為疏水性，帶電荷的氨基酸的(正電荷K,R,H,N-terminus,負電荷D,E,C- terminus)的比例達到20%，在多肽的N或C短如果能增加極性氨基酸，也可以改善溶解性。