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多肽合成與引子合成有比較大的區(qū)別，不能合成的引子很少，但是不能合成的多肽經(jīng)常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這些氨基酸比鄰或重復(fù)時，多肽鏈在合成過程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下幾種情形，合成效率和產(chǎn)物的純度都比較低，如：重復(fù)Pro,Ser-Ser，重復(fù)Asp，4個連續(xù)Gly等.